Nejvyšší kontrolní úřad (NKÚ) uvedl, že ministerstvo dopravy dělalo chyby v účetnictví za rok 2011. Jako neúplné a neprůkazné označili kontroloři účetnictví, ve kterém našli nesprávnosti za 46 miliónů korun. Tvrdí, že nelze podle nejasných právních předpisů v účetnictví určit, zda účetní uzávěrka podává věrný obraz. Chyby se podle kontrolorů objevily především v evidenci nehmotného majetku, jehož část ministerstvo dopravy nezaúčtovalo a neprovedlo řádnou inventarizaci. Ministerstvo dopravy se ale brání, že nejde o systémovou chybu, nýbrž o chybu účetní, přesněji o 6 nesprávných účetních operací, jak uvedl mluvčí ministerstva dopravy Tomáš Neřold.