Bazény vyhořelého paliva umístěné v reaktorových halách představují riziko. Bazény s vyhořelým palivem jsou umístěné ve všech reaktorových halách JE Fukušima 1. Toto vyhořelé palivo musí být neustále ochlazováno resp. ponořeno ve vodě – obdobně jako palivo v již odstaveném reaktoru. V případě nezajištění ochlazování vyhořelého paliva může dojít k jeho samovznícení a následné emisi radioaktivních látek do okolí. Této emisi na rozdíl od reaktoru nebrání žádná tlaková nádoba. Reaktorové budovy jsou navíc poškozeny nebo zničeny. Rozměry bazénů jsou dle New York Times cca 12x12x13m. Výška uskladněného paliva v bazénu je cca do 5 m. Lze dovodit, že 1m3 vyhořelého paliva představuje hmotnost cca 20 tun.

Podle posledních informací došlo během úterního večera (středečního rána japonského času) k dalšímu výbuchu u reaktoru číslo 2. Provozovatel elektrárny společnost TEPCO potvrdila, že v reaktoru č. 4 vypukl požár a z reaktoru stoupá kouř. Střecha reaktorové haly 4 praskla. V průběhu dne vypukl navíc požár v oblasti bazénu s uskladněným vyhořelým jaderným palivem, který se však podařilo uhasit. Radiace měřená v elektrárně se poté prudce zvýšila – mezi reaktory 3 a 4 byla naměřena hodnota 400 mSv/h. Pro srovnání – v místě takového zdroje záření je „bezpečné“ servat řádově několik sekund. Po tomto měření byli v souladu s havarijním plánem z elektrárny evakuováni všichni postradatelní pracovníci.