Stalo se tak poté, co byly zjištěny nesrovnalosti ohledně dosaženého vzdělání v jeho životopisu. Ve funkci jej dočasně nahradil ředitel pro globální média Ross Levinsohn. Scott Thompson firmu opouští po 5 měsících, společnost Yahoo tak má nyní čtvrtého výkonného ředitele v posledních 5 letech.